Theo Điều 34 của Thông tư số 14/2010/TT-BKH, pháp luật quy định việc xử lý đối với trường hợp doanh nghiệp chưa đăng ký mã số thuế hoặc có thông tin sai khác giữa đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế như sau :

1. Trên cơ sở dữ liệu về đăng ký doanh nghiệp sau khi được chuyển đổi và dữ liệu về đăng ký thuế, Phòng Đăng ký kinh doanh cấp tỉnh gửi thông báo cho từng doanh nghiệp và yêu cầu doanh nghiệp:

a) Đăng ký mã số thuế trong thời hạn ba mươi ngày làm việc, kể từ ngày nhận được thông báo trong trường hợp doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh mà chưa thực hiện việc đăng ký thuế. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện theo yêu cầu tại điểm này thì sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật về thuế và bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 165 Luật Doanh nghiệp.

b) Báo cáo và thực hiện việc đăng ký thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp trong thời hạn ba tháng, kể từ ngày nhận được thông báo trong trường hợp nội dung đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế của doanh nghiệp chưa thống nhất. Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện theo yêu cầu tại điểm này thì sẽ bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp theo quy định tại điểm g khoản 2 Điều 165 Luật Doanh nghiệp.

2. Thông báo của Phòng Đăng ký kinh doanh về việc thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp phải được gửi đến địa chỉ trụ sở chính, địa chỉ nhận thông báo thuế của doanh nghiệp và đăng trên phương tiện thông tin đại chúng.